摩尼教又名明教，公元三世纪波斯人摩尼所创始，摩尼（公元216－276年）生于南巴比伦安息王族家庭，他以拜火教为信仰基础，吸收基督教、佛教和古巴比伦的宗教思想，创立了摩尼教。其教于唐代传入泉州，称为明教，崇拜光明，提倡清净，反对黑暗和压迫。明朝太祖朱元璋依靠明教夺取政权，并采用明教的“明”定国号，但是又担心明教威胁他的统治，即所谓“又嫌其教门上逼国号，寅其徒，毁其宫”，所以明初盛极一时的明教又转入秘密活动，融合于道、佛教的民间崇拜。晋江现存的草庵摩尼教遗址为元代建筑物，据考古发现，宋代摩尼教已在这里活动，明代禁绝，此处乡民仍以佛教加以崇拜，故而建筑石刻均保存完整。
依山崖傍筑，建筑形式为石构单檐歇山式，四架椽，面阔三开间，间宽1.67米，进深二间3.04米，屋檐下用横梁单排华拱承托屋盖，简单古朴。
庵内依崖石雕一尊摩尼光佛，石浮雕摩尼跌坐神像，作圆圈浅龛，直径1.68米，坐像身长1.52米，宽0.83米，头部比较特别。呈现辉绿岩（青斗石）颜色，长方形面孔0.32X0.25米，背有毫光射纹饰，呈现花岗岩石质，散发披肩，端坐莲坛，面相圆润，眉弯稍为隆起，嘴唇薄，嘴角线深显，形成下额圆突，显得安详自如；身穿宽袖僧衣，胸襟打结带，无扣，结带用圆饰套束蝴蝶形，而向两侧下垂于脚部，双手相叠平放，手心向上置于膝上，神态庄严慈善，衣褶简朴流畅，用对称的纹饰表现时代风格。
由于明代禁绝摩尼教，草庵实质上是被看作佛教寺院。据说弘一法师晚年经常来这里布法讲经，当地的村民“拿香跟拜”。
摩尼教的教义信条（称“四位一体”）于摩崖上：劝念清净光明，大力智慧。无上至真，摩尼光佛。
