寺庙有殿堂、楼阁各类建筑29座，帝佛合一的格局，即有金碧辉皇家寺庙的宏大规模，又是佛门圣地“曼陀罗佛国世界的中心”。整座寺庙平面布局严谨，以大雄宝殿为界，分为前后两部分，前半部是汉族寺庙传统的伽蓝七堂式布局，后半部是藏式形式，是仿西藏三摩耶庙的形式修建的曼陀罗，千手千眼观世音菩萨便供奉在主体建筑大乘之阁中。
在大乘之阁的四周，还有四座颜色不同的喇嘛塔。对于这四座塔代表的意义，众说纷纭，有的说代表着佛祖释迦牟尼的四个故 事，即降生、得道、初转法轮、涅槃。还有的说，这四座塔代表着佛祖的四智，即大圆镜智、平等性智、妙观察智、成所作智。还有的人说，这四座塔埋葬着宝物： 红塔下埋的是三世佛的舍利，黑塔下埋的是苯教的经典，绿塔下埋的是为再修桑耶寺用的财宝，白塔下埋的是松赞干布的经典和赤松德赞的战利品。
大乘之阁通高36．75米，外观正面6层重檐。全阁构筑奇特。从外观上看，前面六层，后面四层，左、右两侧各为五层。在第五层的四个 角上和第六层的正中，各建有一个四角攒尖式的屋顶，上置鎏金铜宝顶。这五个攒尖顶构成了一个立体的曼陀罗。这是藏传佛教建筑的特有形式。
四大部洲分别修建在大乘之阁的东、西、南、北四方。他们均为台殿式。台上的建筑多为单檐庑殿顶。东边的叫作东胜神洲，其台座为月形；西边叫作西牛贺洲，其台座的形状为椭圆形；南边的叫南瞻部洲，为梯形， 所以又被称为梯形殿；北边的叫作北俱卢洲，其形为方阁。
千手千眼观音菩萨矗立于大乘之阁内，由木雕成，上覆金漆，高22.28米，腰围15米，重达110 吨，用木材120 立方米，是现在世界上最高大的木质雕像。佛像比例匀称， 纹饰细腻，绘色绚丽，生动地表现了观世音菩萨的表情和神采，是我国雕塑艺术的杰作。
大雄宝殿在天王殿之后。它面阔七间，进深五间。内正中供三世佛，两侧则为十八罗汉塑像，殿内墙上绘有彩色佛教故事壁画。东西配殿面阔五间，进深三间，单檐歇山顶。殿内原有500罗汉塑像，现仅存200余尊。
亭内置御制石碑三通，分别是普宁寺碑文、平定准葛尔勒铭伊梨之碑、平定准葛尔后勒铭伊梨之碑，碑的四面分别用满、汉、蒙、藏4种文字镌刻着乾隆皇帝写的碑文。
天王殿位于碑亭之后，它面阔五间，进深三间，单檐歇山顶，殿内正中端坐布袋和尚，俗称大肚弥勒佛，形象慈祥憨厚，笑容可掬。两侧有护世四大天王塑像。
八小部洲位于四大部洲的两侧，是八座两层白台。这八座白台布列有序，但形状不同，有的呈正方形，有的呈长方形，有的呈正六边形，有的呈扁六边形。
日殿和月殿，都是长方形的台殿式建筑。日殿在东，月殿在西，象征着日、月围绕着佛的世界。
山门面阔五间，单檐歇山式琉璃瓦顶，内有哼哈二将塑像分列两边。
幢竿位于山门两侧的东西掖门以里，左右各有一根。
进入山门，东为钟楼，西为鼓楼，中间为碑亭。
