第二个院落是正院,是马步芳及其家人居住和工作的地方,也是是当年青海省的政治、军事中心。正院中的“馨庐”二字,是当年的国民政府主席林森题写的。门前有上百年的老树根雕成的一把太师椅,游人可以到上面坐一坐。
第一个即前院,是办公和接待宾客的院子。院子里有玉石厅、贵宾厅和东西两厅,共四厅。玉石厅因内外墙面均用玉石砌成而得名,是公馆的客厅,常用于接待公馆的贵宾;贵宾厅又称为北房,是接待少数民族宾客的处所。
第三个院子是女眷楼,又叫南楼小院,位于公馆建筑群的西南角,是古典回廊木结构的中式二层楼四合院。原为女性宾客和部分女佣人住宿的地方,后改建为青海省民俗博物馆。
后花园位于公馆南端。栽种了各种名贵的花卉和树木,还有亭榭,著名的“晓泉”也在其内。