传说破山祖师复兴昭觉寺后，广收弟子，光大了双桂禅系。一天，破山祖师告述弟子们他要出去云游，并说：如果殿内的庭柱离开了下面的石砧凳、香案上的延瓢飞了、殿外的两株黄果树包住了中间的石碑，他都还没有回来的话就另立方丈，主持寺院、传承双桂禅法。祖师走后三年的一天，祖师殿内的一根木柱果然离开了石砧凳；又过了三年，大雄宝殿香案上的延瓢果然不意而飞；再过了三年，大雄宝殿外的两棵黄果树已长大并且包住了中间的石碑。但是，破山祖师却没有回来，留下的是他的传说和众人可以见到的遗迹。成都人后来把“柱离凳”的殿称为“吊足楼”，其中殿内的四根柱子中，靠外近门左侧一根的下端悬着，离鼓形的石砧凳约一尺高，是木结构古建筑的一项奇观。由于印契了该寺古德明代道魁祖师之预偈：“树包碑，檐瓢飞，柱头落地祖师归”。清定上师回昭觉，悬空之柱头落地，延瓢早已不翼而飞，菩提树飞速猛长，将石碑包得丝毫不现。故世人称之道魁祖师再来。
清定法师是寺庙重建的功臣，清定上师(1903-1999)俗名郑全山，1926年考入黄埔军校。1933-1940年，先后任南京军委会军事交通研究所训练处长，中华复兴社总社处长，上海警察局秘书长兼中华复兴社上海分社书记，第四战区党政军训练团训练处长，中央训练团训练处长、政治部主任，授少将军衔。1941年4月于重庆狮子山慈云寺出家，1985年任昭觉寺方丈后重整寺庙，为复兴昭觉寺付出了毕身精力，也为四川的佛教界作出了卓越的贡献。
圆通宝殿是当代佛教建筑的杰作，外方内圆，有非常复杂的“歇山顶”和“亭尖顶”的组合顶部，殿门前有二龙戏珠两壁。殿里每面都供奉千手观音菩萨庄严精妙，熠熠生辉，一共四尊金佛像，分别面向四方。顶天立地的佛龛内，每尊观音菩萨都有多层的佛头、共有1008只手、眼，周围有众多“有求必应”的锦旗。宝殿建筑工艺精美，设有东、南、西、北四门，殿内有一圈转经桶。
重檐的大雄宝殿内供奉着汉白玉雕塑8米高的三身佛像：正中是法身佛，名毗卢遮那佛，表示绝对真理就是佛身；左边一尊是报身佛，名“卢舍那佛”，表示光明遍照，证得绝对真理而自受法乐的智慧是佛身；右边一尊是应身佛，名“释迦牟尼佛”，表示能仁寂然，随缘教化各种不同的众生的佛身。三身佛两旁侍立着高达3米的阿难、迦叶立像。大殿两侧是神态各异的十八罗汉像。
昭觉寺始建于唐朝贞观年间，初名建元寺。唐僖宗乾符四年(877年)，唐代高僧、禅宗曹洞宗传人休梦禅师任建元寺住持，兴工构殿，扩建寺庙，并奉旨改寺名为“昭觉”。寺内巍峨的殿堂、精美的佛像和法器、碑碣等，赢得了国内外游人香客的赞誉。