我院康复医学中心近年来先后被确定为南通市医学重点专科、市医学重点学科，神经内科与康复医学中心合为一个病区。病区目前内设床位42张，设有物理治疗室，语言治疗、作业治疗室，针灸、推拿室、激光治疗室及健康宣传教育、远程医学会诊中心等，并根据康复治疗对疾病的“早期介入，后期巩固”的现代理念，将神经内科与康复科有机结合起来，设置了“临床神经电生理检查室”及“神经科重症监护病房（NEYRO-ICU）”等。同时该科配有较强的技术力量，现主任医师1名，副主任医师3名，其学科带头人沈晓明是江苏省康复医学会理事、南通市中华医学会神经内科分会副主任委员、市首批医学重点人才。
1992年该科率先在本市开展脑脊液置换及微创技术，治疗“脑出血”和“蛛网膜下腔出血”。1998年又率先在本市对中风偏瘫患者开展早期正规康复治疗，取得了较好的效果，使不少患者得以康复。该科还对帕金森病，头痛患者进行个体化治疗，并推出脑梗死的“鸡尾酒疗法”，其治疗效果显著。1999年我院成立了“南通市脑血管病康复治疗中心”。2006年，江苏省康复医学会与我院联手成立了“江苏省康复医学会南通康复中心”，康复专家定期坐诊和指导工作。康复中心成立以来，对偏瘫、脊髓损伤、小儿脑瘫、失语、吞咽障碍等疾病的治疗及残肢的安装都取得显著的效果。
